Образ жизни ягуаров одиночный. Как и все хищные кошки, ягуары — территориальные звери; площадь территории одного ягуара занимает от 25 (у самок) до 100 квадратных километров, в зависимости от ландшафта и количества дичи, а также половой принадлежности зверя. Как правило, охотничий участок самца по форме представляет собой треугольник. На своей территории самец охотится 3-4 дня в определенном районе, а затем переходит на другой участок. Кроме того, зверь наведывается к определенным «пограничным точкам» через каждые пять или пятнадцать дней. По этой причине ягуар является настоящим бродягой, постоянно «шатающимся» по сельве. Ягуар крайне нетерпим к другим кошачьим (в частности, к пумам) на своей территории, но довольно миролюбив к своим сородичам и охотничьи территории ягуаров часто пересекаются.
Ягуар является сумеречным хищником. Его самые активные охотничьи часы приходятся на время после захода солнца (примерно с 18.30 до 21.30) и перед рассветом (с 03.00 до 06.00).
Основная его добыча — капибары и копытные вроде оленей мазама, пекари и тапиров, но он нападает также на птиц, обезьян, лисиц, змей, грызунов. Охотится ягуар и на черепах — его мощные челюсти способны раскусить их панцирь. В отличие от пумы, ягуар охотно и часто нападает на домашний скот. Хищник отлично плавает и редко упускает жертву, которая ищет спасения в воде. Он также выкапывает из песка на побережье океана черепашьи яйца, иногда бросается на спящих аллигаторов или выхватывает из воды рыбу.
Основной метод охоты ягуара — это засада в высокой траве или на дереве. Обычно такую засаду он устраивает на берегу водоема в траве или на тропах, ведущих к водопою. При нападении на жертву ягуар, как правило, прыгает на неё со спины или с боку, хватая за шею. Чаще всего при атаке скота ягуар стремится повалить жертву, которая сильно, а иногда и смертельно, травмируется в момент падения. У большинства коров, погибших после атаки ягуаров, были сломаны шейные позвонки в результате падения, а головы при этом — почти запрокинуты на спину. В отличие от других крупных кошачьих, ягуар иногда прокусывает жертве череп. Если жертва обнаружила хищника и спасается бегством, ягуар никогда её не преследует.
Охотники Бразилии приписывают ягуару способность гипнотизировать свою жертву.
Умертвив добычу, ягуар начинает поедать добычу с головы, постепенно продвигаясь к её задней части. Если жертва велика, хищник остается у неё, утоляя голод в два приёма, с интервалом в 10-12 часов. Характерно, что ягуар почти не питается падалью, и к остаткам своей жертвы не возвращается.
На охоте зверь издает низкое отрывистое, гортанное ворчание, а по ночам и в брачный период оглушительно ревёт. По индейским поверьям, ягуар способен имитировать крик любой птицы или животного, чтобы подманить их.
Случаев нападений ягуаров на людей известно очень мало, а неспровоцированных - и того меньше. Людоедство среди этих хищников — явление исключительное. Чаще всего ягуар нападает, когда защищается. Если ягуара не провоцировать, он обычно не агрессивен, а скорее любопытен и часто преследует человека по лесу, не проявляя враждебных намерений, однако изредка бросается и на людей.
В неволе ягуар доживает до 22-25 лет.
