Действие D.Gray-man разворачивается в Европе 19 века и рассказывает о противостоянии Графа Тысячелетнего, строящего заговоры при помощи Акума (яп. демон) - человекоподобных существ, представляющих собой живые орудия зла и соединяющих в себе душу умершего человека и механическое тело. С Тысячелетним Графом и Акумами борются экзорцисты Темной Религиозной Организации (Черного Ордена).

Экзорцисты - это особенные люди, наделенные взаимосвязью с "Чистой Силой", божественной субстанцией, созданной много веков назад для того, чтобы бороться со ставленниками Графа, которые называются Акума. Известно, что Чистая Сила в виде 109 частей разбросана по миру. Как только частица Чистой Силы вступит во взаимосвязь с подходящим человеком, она эволюционирует и превращается в оружие для борьбы с Акумой.

Главной же целью Тысячелетнего Графа являются поиски так называемого "Сердца Чистой Силы". Это особая форма Чистой Силы, которая обеспечивает существование всех остальных 109 частей. Сердце также может свести всю эту силу на нет. За этим Сердцем и охотится Граф и семья Ноя.
Аллену Уокеру около 15лет. Он является учеником генерала Мариана Кросса, который как и другие генералы ищет  людей, чтобы сделать их экзорцистами. Аллен попадает в орден и сразу же попадает в неприятности и встречает новых друзей.